يسير المعهد مديرٌ يعاونه نيابة للدراسات ومسؤول إداري ومالي، وتتوزع المصالح الإدارية والتقنية على النحو الآتي:
الهياكل البيداغوجية والعلمية
شعبة الآثار — بأقسام الآثار القديمة والآثار الإسلامية وآثار ما قبل التاريخ؛
شعبة الحفظ والترميم؛
مخابر البحث (مخبر LECMMA، مخبر علم المقاييس الأثرية، مخبر ما قبل التاريخ).
المصالح الإدارية
الكتابة البيداغوجية، مصلحة المالية والوسائل، مصلحة التوثيق والمكتبات، مصلحة الوسائط والوسائل الإعلامية الآلية.
تُفتح مصالح المعهد للطلبة من الأحد إلى الخميس، وخلال السنة الجامعية تكون المكتبة وقاعة المطالعة مفتوحتين من الثامنة والنصف صباحاً إلى الرابعة والنصف مساءً.
