ماستر الآثار شهادة وطنية ذات طابع بحثي تُمنح بعد أربعة فصول (M1–M2) في إثر ليسانس الآثار، وهي تُكوّن الطالب على البحث الأثري عبر دراسة المناهج وحلقات البحث والتطبيق الميداني ومذكرة تخرج تُناقش أمام لجنة.
يقدّم المعهد عدة تخصصات، من بينها الآثار الوقائية والآثار الريفية والصحراوية التي تُفتح بدءاً من السنة الجامعية 2026–2027. يختار الطالب موضوع بحثه ضمن أحد المجالات المعتمدة بالمعهد، بارتباط وثيق بمخابره (LECMMA، علم المقاييس الأثرية، ما قبل التاريخ).
يُقبل في M1 حاملو ليسانس الآثار أو الشهادات المعادلة لها بعد دراسة الملف. ويمكن لخريجي الماستر متابعة الدكتوراه أو الالتحاق بمؤسسات التراث والبحث: المتاحف، الحدائق الوطنية، المديريات الثقافية وهيئات الحفر الأثري.